李衛當官3的導演變成了王偉廷，而一二部的導演是徐崢，在第3部中徐崢飾演男主角李傳衛，只是他不是導演而已，而故事的整個劇情都圍繞著嘉慶帝與和珅的爭斗以及反清復明展開。故事講的是大內高手李傳衛受傷之后與流浪漢趙三發兩人身份互換，因為兩人的相貌極其相似，李傳衛趁機進入到了反清復明組織中，并且因緣際會被委以了重任，而趙三發就進入了皇宮中做了乾隆皇帝的貼身侍衛，但因為他只是流浪漢并不懂武功，所以發生了一系列驚險刺激的事件。
后來兩個人都感應到了對方的存在，而且此時李傳衛的記憶也逐漸恢復，朝堂之間紛爭不斷水越攪越渾，兩人也無意間向對方靠攏成為了一個陣營的。雖然兩個人身份地位相差很大，而且使用的方法也不同，但是兩人卻在嘉慶帝陷入了危險的關頭，聯手幫助嘉慶帝一起除掉了和珅，而且還攪亂了反清復明組織的陰謀，到最后論功行賞之際，兩人并沒有留下而是去選擇尋找親生父母的墳塋。