APTX4869這個名字很有意思，代表了作者的精妙構思。APTX是英文“Apoptoxin”的縮寫，這個詞是Apoptosis（細胞自動壞死）和toxin（毒素）兩個單詞的混成詞。APTX4869本身也是動漫的作者青山剛昌家里電腦的名字。另外數字4869有著特殊的意思，4869在日文里的讀法，和“夏洛克”很相似。
柯南和灰原哀兩個本來是高中生的少年男女，在服用了藥物后身體變小，變成小學生，被迫以小孩的身份和模樣生活，也是挺無奈的。《柯南》每一集故事的設計都很巧妙，最后的真相往往是出入意外的，讓人大呼過癮。另外，故事里很多道具的設定也很有趣，比如蝴蝶結變聲器、手表麻醉槍、少年偵探徽章等等。
值得一提的是，在漫畫改編稱動畫后，制作方為了適合更多的觀眾，對于暴力和血腥情節的表現，有著很好的處理。比如在臺詞中，用“遺體”代替了“尸體”，血液的顏色改變為黑色，并回避了刀刺、槍擊受害者等暴力場景。因為動畫改編者想表現的不是犯罪，而是以解謎故事為主。