神盾局全稱為國土戰略防御攻擊與后勤保障局，主要負責處理各種奇異事件還有維護國際和平，前任局長是尼克.弗瑞，也就是被噬元獸抓傷眼睛的大佬。而他就是集合了所有的超級英雄，建立了一個復仇者聯盟，而他希望通過超級英雄的力量，加強巡視，做到維護和平的目的。
黑衣人組織（跟柯南的“黑衣組織”完全是兩碼事）是美國聯邦調查局所屬的一個非正式情報單位，主要負責地球巡邏以及監督外星人在地球上的活動是否有違反規定的行為，他們所處的時代是未來時代，有很多高科技的器械，專門用來對付為非作歹的外星人。
所以神盾局和黑衣人兩者沒有啥關系，也沒有什么交集，無論是職責還工作內容，都不一樣，但唯一相同的一點就是維護宇宙和平，都是正當的組織機構。