《X戰警3：背水一戰》中，變種人們面臨兩個選擇，一個是被人類孤立但仍然擁有超能力，一個則是變回普通人。在第二部中，人類對變種人已經開始憎惡，想要反抗他們，而x教授則想要平息這場戰爭，萬磁王則想要讓變種人稱霸與宇宙。這也導致人類，x教授以及萬磁王三方勢力的矛盾激化。
在這個過程中，黑鳳凰復活之后，卻意外性格突變，這讓x教授對她產生了疑心。而鳳凰女之所以會這丫很難過是因為她的童年遭遇，死而復生一事刺激到了她的內心深處，從而喚醒了另一個人格。所以這才有了《X戰警：黑鳳凰》的獨立電影。
《X戰警3：背水一戰》融匯了多種元素，劇情跌宕起伏，有生存有毀滅，有重逢也有背叛，愛情和友情的點綴也讓這部電影有了精彩看點。戰斗場面也毫不遜色，能讓觀眾感受到經費在燃燒。