《X戰警：黑鳳凰》講述的是鳳凰女因意外黑化的故事，X戰警執行太空救援任務的時候，鳳凰女被一股神秘宇宙力量集中差點喪命，回到地球后鳳凰女的身體發生了變化。
鳳凰女發現身體里出現一股神秘力量，這股力量對鳳凰女的身體虎視眈眈，鳳凰女釋放體內的鳳凰之力與這股神秘力量抗爭，由于釋放了太多鳳凰之力，鳳凰女又控制不當，導致鳳凰女體內力量失控，鳳凰女的精神和力量被神秘力量吞噬整個人黑化。
鳳凰女失去控制開始和X戰警為敵，不少成員被鳳凰女打傷，X戰警因為鳳凰女的黑化產生分歧，隊伍分崩離析，只有大家團結一致才能拯救地球和挽救鳳凰女。
可外星勢力企圖將鳳凰女的力量武器化，通過鳳凰女的力量統治銀河系，鳳凰女被控制后對星球大肆屠殺傷亡慘重，X戰警面臨艱難抉擇，是保護地球殺了鳳凰女，還是用地球做賭注保護鳳凰女。