柯南及小伙伴一起來到了大阪，一同偵查此案。柯南認為彩蛋應該有兩顆，在彩蛋的玻璃上能夠照出當年蓋的城堡模樣，大家也同意柯南的說法，一起尋找第二顆彩蛋，還有那些對彩蛋一心想研究的學者們，在返回東京的船上。這時船上發生了慘案，柯南的身份差點被揭開，小蘭對柯南的身世產生了懷疑。
回到東京在城堡中，柯南發現了通往地下的通道，其他人也發現了第二顆彩蛋，揭開了回憶之卵的真實意義。但事情并沒有結束，暗殺的殺手還在人群中，他神秘的設計著等待著下一個目標。他再次行動時，目標鎖定了小五郎和小蘭身上。
兇手實施刺殺失敗后，他趁機搶走了彩蛋。意圖想將要燒毀城堡，柯南和他的伙伴們一起追趕兇手。面對著這場大火，兇手終于露出了他事實的面目，柯南在朋友們幫助下從火海里逃脫。柯南的故事是偵探類的翹楚，帶著你去查看細節，去了解事情的真相。