《A計劃》講的是上世紀初，香港水警和海盜的爭斗。來往香港的商船經常被海盜劫持，香港擔心會影響香港在世界上的聲譽，因此制定A計劃和改編水警，希望將海盜一網打盡，可水警里有海盜的內鬼。
成龍扮演的馬如龍是水警小分隊隊長，滿腔熱血地要除掉海盜，可執行任務的時候遭人陷害，馬如龍一氣之下辭職，后來海盜和警方關系惡化，馬如龍又自告奮勇帶人剿匪。
洪金寶扮演的卓一飛是馬如龍的好兄弟，對馬如龍不離不棄，馬如龍辭職后，卓一飛也一直陪在馬如龍身邊。后來馬如龍回到水警執行任務，卓一飛配合馬如龍成功完成任務。
元彪扮演的洪天賜是警察教官，也是馬如龍的教官，和馬如龍不打不相識，之前對馬如龍印象不是很好，因為馬如龍經常搞砸任務，但后期和馬如龍默契配合，成功剿滅海盜。
狄威扮演的羅三炮是海盜首領，經常劫持過往商船，是警方通緝的要犯，和鑒賞周永齡（王偉飾）是好朋友，聯合賺黑心錢，但最后羅三炮被卓一飛的手榴彈炸死，周永齡被警方抓住了。