對于最后的幕后黑手，書迷們也是頗有爭議，因為賀東成為最后的主謀顯得十分牽強，且不說賀東背鍋很莫名其妙，而且以賀東的能力他也不可能下這么大的一盤局，所以在書迷們看來，幕后真兇另有其人，賀東只是臨時把拿來背鍋的。
《長安十二時辰》中的故事環環相扣，書迷們都熱衷于一點點剝開，一點點解開，但是看到結尾的時候，難免會有些失望，因為看到最后的時候，大家已經不關心幕后大boss是誰了，更關注的是張小敬這個角色的結局，作為一個心懷百姓的人，他對國家是有些失望的，這個時候他又會做出怎樣的選擇。
雖然在最后的結局中，李泌向張小敬給出了赦免他無罪的承諾，也透露出他會離開長安城的消息，但是這個時候張小敬想要的究竟是什么大家好像并不知道了，就像他流出的那一滴眼淚，究竟是什么意思也沒人能懂。