《動物管理局》結局是圓滿的，郝運與吳愛愛在一起了，吳愛愛最終放下對性別的顧慮，與郝運走到了一起，兩人也算是經歷過生死的人，所以很珍惜和彼此在一起的時光，除了兩人的感情線交代的比較清楚，其他地方有很多漏洞，也因此為第二部埋下伏筆。
首先該劇并沒有說明朱雀有沒有死，也沒有說明結局牽走四爺的陌生人是誰，除此之外，吳愛愛究竟會成為男人還是女人也沒有交代清楚，所以說有很多伏筆，這些伏筆都有可能在第二部為觀眾一一解開。
結局時，唯一能夠確定的就是郝運是朱雀之子，郝運的身份一直都蠻神秘的，眾人對其充滿好奇，而在結局時，四爺告知郝運的身世，聽到自己悲慘的過去，郝運差點黑化，好在有吳愛愛的呼喚，郝運才沒有走上歧途。