小說《古董局中局》以日本人木戶加奈歸還國寶——武則天明堂玉佛的事件為序曲，拉開了整個故事的帷幕，將一段深藏于歲月風塵中的往事再一次的提起，并最終找出了被掩埋的真相。
古董店的小老板許愿因為爺爺許一城留下的一本《素鼎錄》，被牽扯進一個叫“明眼梅花”的組織，而這個組織的核心構成就是“五脈”。“五脈”的人之所以會選擇許愿，其實是因為他的爺爺。許愿的爺爺許一城曾經是“五脈”的族長，同時還是主金石玉器的白門掌門人。但是因為他把國寶武則天明堂玉佛賣給日本人，所以最后被判處了漢奸罪，執行了槍決。
“五脈”找許愿，其實是想讓他來鑒別一下這個“玉佛頭”的真假，畢竟術業有專攻嘛。而在這個過程中，，許愿發現了一段曾經的往事，并且被告知自己的爺爺是漢奸。但是他并相信自己的爺爺會是漢奸，所以在鑒別“玉佛頭”真偽的過程中，他也沿著一下蛛絲馬跡的線索，查找當年的真相。
故事的最后，許愿終于知道了自己的爺爺許一城并不是漢奸，而是一個忠義之士，只是為了保護國寶才甘愿背負著污名死去。