美妝蛋的清洗是非常必要的工作。在化底妝的過程中，美妝蛋會沾取大量的粉底液。這些粉底液有的經過美妝蛋的涂抹，均勻的覆蓋在面部肌膚上。有的就因為美妝蛋的海綿特性被吸入內部。如果不定期進行清洗，就會導致海綿發生變質發霉的現象。
在清洗時如果用力過猛、使勁擰干扭動，就會導致美妝蛋產生變形的問題，嚴重的時候會發現美妝蛋的回彈性變差，所以在清洗美妝蛋時要注意方式方法。清洗美妝蛋一般要選擇專用的清洗劑，然后將美妝蛋置于清洗劑中進行泡洗，幾分鐘之后再將美妝蛋取出，用清水沖洗干凈。
用手指將內部的污水擠壓出來，但是千萬不要用力擰干，美妝蛋的清洗也不宜過于頻繁。如果化妝次數較多，可以兩天清洗一次。美妝蛋也是有保質期的，一般最好的使用期限為兩個月，超過兩個月之后。美妝蛋就會出現變形變質的情況，需要更換新的美妝蛋來進行上妝服務了。