在清洗美妝蛋是需要用卸妝水、清洗劑、或者微波爐、肥皂等來清洗。用清洗劑清洗美妝蛋時，要先將美妝蛋完全的浸濕。然后用手指將內部的水分輕輕的擠壓出來。在涂抹適量的清洗劑，用手指輕輕的揉搓，使美妝蛋的表面光滑之后，再擠壓美妝蛋的內部，使它變得干凈即可。最后用大量的清水徹底清洗美妝蛋。用紙巾吸取多余的水分，放在陰涼干燥處自然晾干。
也可以用肥皂來清洗美妝蛋，但是肥皂的堿性是比較大的，盡量少用這種方式。以避免美妝蛋受到損害。具體的方法比較簡單，就是用肥皂涂抹在美妝蛋上。然后揉搓起泡，洗干凈之后用清水沖洗即可。還有一種方法是用微波爐清潔。這是一種非常新穎的方法。
具體操作過程是將美妝蛋放到一個容器中。在容器中注入清水或者清洗劑，清洗劑的容量要覆蓋住美妝蛋。然后將整個容器用微波爐進行加熱一分鐘，取出美妝蛋后會發現它已經變得非常干凈了。這個方法不但能夠清潔，還能夠對美妝蛋進行徹底的殺菌。