化妝刷在使用時因為沾取許多化妝品，因此在用一段時間之后，就變得色彩斑斕，甚至會發硬發黑。這時候就需要對化妝刷進行清洗，否則不但起不到美妝的效果，還容易對皮膚造成傷害。在清洗化妝刷時是不能用卸妝水來清洗的。
雖然卸妝水是很好的卸妝工具，但是只適合用于皮膚上，并不適合用于清洗化妝刷。卸妝水可以將化妝刷上的結塊部分化開，但是達不到清潔效果。特別是動物毛制成的化妝刷，需要用專用的清洗劑來進行清洗，也可以用嬰兒專用的洗發水來清理。也不能用酸性或者堿性大的洗滌液清洗容易使刷毛損壞變硬。
清洗化妝刷的時候要把清洗劑與溫水相混合。然后將化妝刷的刷毛部分在溶液中旋轉打圈，帶到溶液變成渾濁，刷毛清洗干凈之后再用清水沖洗干凈即可。化妝刷清洗完成之后，要用干的毛巾或者紙巾將多余的水分吸取，然后放在陰涼處進行曬干。特別是動物真毛的化妝刷，不要放在陽光下暴曬，否則會導致變形。