第二部其實與第一部是兩個不同的故事。風起長林的主角是蕭平章，他是長林軍的副帥。這個角色由黃曉明飾演。故事的展開是從當年受教于梅長蘇，被蕭景琰收養的蕭庭生身上展開的。蕭庭生是長林軍的主帥，他的膝下共育有二子長子就是蕭平章，他擔任副帥之責，主要職責是守護大梁邊境以及長林王府的安全。
次子是蕭平旌，由劉昊然飾演。蕭平旌師出瑯琊閣，經歷過家庭變故后逐漸成長為合格的勇士。蕭平章的性格是剛柔并濟，在戰場上叱咤風云，對待家人又是鐵漢柔情。由于大梁邊境一直動蕩不安，守護邊境的長林軍屢屢立下戰功。當朝皇后怕長林王府功高蓋主，就與夜秦人濮陽纓勾結，設計陷害蕭庭生父子三人。
不僅如此，還中斷前線補給，致使蕭平章身受重傷。正值北京危急之時，蕭平章放棄治療奔赴邊境支援，最終不幸毒發身亡。在之后的幾年內，朝廷內亂不斷，蕭平旌臨危受命，成功擊碎了蕭元啟等人的陰謀，然后離開金陵歸隱山林。