《少年包青天Ⅲ之天芒傳奇》劇情主要講述了包拯離奇失蹤兩年后，汴京一宗離奇命案被公孫策所破解，這兩年來每有奇案發生，公孫策便立即趕赴現場，其目的是為了尋找包拯。包拯在該劇一開始便是失憶的狀態，他流落到大宋的一個邊陲小鎮上，還成為妓院的一個打雜小二。不過包拯破案的本領和直覺都沒有消失。
該劇六個系列全部和一個叫“天芒”的東西有關系，所有案件到最后也都直指天芒，而包拯也是因為天芒而失憶。原來三年前皇帝得到了一塊古秦朝刻石，皇帝便召包拯趕赴鄭王府參研其中奧秘。包拯之后發現了天芒的秘密，而刻石的后半段講述了天芒的真正意思。
皇帝深知包拯厭戰，肯定不會聽從命令去尋找天芒，于是皇帝就把刻石后半段鑿下來并藏了起來。在兩年半以前，包拯意外發現了這個秘密，他就逃了。皇帝帶領著鄭王府的家丁追趕他，可包拯不慎失足墜崖。受了重傷的包拯被遼國馬販商隊救起，馬隊一路照顧他，包拯直至昏迷了整整五天才醒過來。他跟著馬隊來到雙喜鎮，被蒙黃樂收留而呆在了風月樓。不過包拯潛意識里認為那段記憶過于痛苦，醒來之后就選擇了失憶。