漩渦鳴人的父親是波風水門，波風水門的父母當然就是漩渦鳴人的爺爺奶奶，只不過波風水門作為戰爭孤兒，他也不知道自己的父母是誰。漫迷們根據故事情節以及線索推測出波風水門是一名“草根忍者”，而他的父親、漩渦鳴人的爺爺也應該是一名普通的、甚至是不知名的忍者，這從漩渦鳴人的姓氏就可以得出判斷。
漩渦鳴人完全繼承了其母漩渦一族的姓氏，而關于這點很好解釋，因為古老的漩渦一族是千手一族的近親，這個族群在木葉中的地位可不是其它族群可以比擬的，所以漩渦一族的稱號高過了當時身為火影的波風水門。另外《火影忍者》系列中確實有“誰的威望、地位高，出生的兒女就跟誰姓”的先例，所以漩渦鳴人繼承母姓，說明其父親這一個族群的威望和地位都沒有母親的族群高，漩渦鳴人的爺爺很有可能也是一名“草根忍者”。
漩渦鳴人的父母自其出生就去世了，不過他的生活也不完全是孤苦無依，有一些長輩對漩渦鳴人很好，可以算得上是他的“爺爺”了。比如像三代火影猿飛日斬，比如像玄翁，比如像自來也。值得一提的是漩渦鳴人的父親波風水門跟自來也情同父子，所以漩渦鳴人和自來也更像是一對爺孫。