化妝刷在使用后，如果沒有進行及時地清潔，那么化妝刷就會成為滋生細菌的溫床。面部的油脂加上美妝品的殘留，會使得刷毛內部的細菌大量繁殖。而繼續使用被細菌污染的化妝刷來上妝，那對肌膚造成的傷害是不可預估的。因此對化妝刷進行及時且定期的清潔是非常必要的。
化妝刷的清潔方式主要有干洗和濕洗兩種方式。人們聽到清洗化妝刷，第一個想到的肯定是用水去沖洗。但其實許多化妝刷并不適合頻繁用水沖洗，就比如像天然動物毛制成的化妝刷。天然動物毛所制而成的化妝刷由于刷毛比較珍貴和不耐洗，因此并不是適合頻繁水洗，這類化妝刷更適合干洗。
還有一些沾取了粉類化妝品的化妝刷，也不需要頻繁地進行水洗。比如說用化妝刷沾取了散粉、腮紅或是眼影等粉類化妝品，而使用后只需要干洗處理即可。所謂干洗，也就是將化妝刷在干凈的紙巾上面來回、輕輕地掃，掃到把化妝刷上殘留的粉類化妝品清除掉即可。而不管是珍貴的天然毛化妝刷，還是沾取粉類化妝品的化妝刷，在干洗一段時間后都需要進行水洗，這樣才能保持化妝刷的清潔。