最初宇智波斑與千手柱間的爭斗，最后在斑落敗后的妥協下共同建立了木葉村，由柱間擔任火影。由于政權的分配永遠達不到雙方滿意的狀況，于是掌握主權的千手一方對于宇智波喪失信任、隔閡與日俱增。千手柱間和宇智波斑的終結之戰后，宇智波族實際上開始對于千手一族獨霸木葉村產生很多不滿，畢竟當初是聯合建立木葉的。
然后有部分宇智波族人開始爭奪村內重要職務，一方面想瓦解千手一家獨大的局面，也是覬覦火影之位。千手扉間為了解決宇智波叛亂的隱患，但又不能趕盡殺絕，才成立木葉警務部隊，讓宇智波族人擔任重要職務，一是表達對宇智波的信任，二是監視宇智波的一舉一動。
但是以鼬和佐助父親為首的宇智波族人依然對木葉不滿。在九尾在木葉肆虐之時，木葉高層怕宇智波乘機謀反，所以宇智波一族都沒被安排在第一線和九尾戰斗，也因此對木葉失去信心，同時也被他們所懲治的人憎恨，處境尷尬的宇智波一族想通過奪取政權而發動內戰。