但隨著曝光量和售賣額的飛速高漲，這位網紅教授也不斷遭受質疑。其同事北京大學國發院教授唐方方曾公開質疑薛兆豐的學術水平，并批評稱“經濟學不是故事會”。北京大學國發院教授汪丁丁也曾抨擊薛兆豐的水平就是一個“沒有畢業的經濟系學生”。
最終，薛兆豐選擇離職，薛兆豐從北大辭職，被外界普遍認為是一個積極事件。很有可能，在得到上專欄的收入，給了他脫離體制的勇氣。不管怎樣，他以后靠自己也能養活自己了，而且也幾乎實現了所謂財務自由。
薛兆豐現在的身份除了當老師，還是一個綜藝明星，他經常去參加一些有關知識類的綜藝節目，如《奇葩說》第五季，他的到來讓節目更具有看點性。