然而孫若微和太皇太后有許多意見相左的時候。太皇太后寵愛孫子，而孫若微需要處理國事，本就筋疲力盡，還要整日面對被太皇太后寵壞的朱祁鎮。她企圖管教朱祁鎮，然而朱祁鎮每次犯了錯被訓，他都會跑到太皇太后那里尋求庇護。太皇太后更是經常離間孫若微和朱祁鎮，甚至要求朱祁鎮親政。然而孫若微很清楚，朱祁鎮此時還太年輕，根本就不具備親政的能力。
除此之外，太皇太后還重用親弟弟張克儉。而張克儉經常利用自己的身份，搶劫邊境商人的貨物，甚至殺人。太皇太后利用自己的權威，為各路國戚謀出路，這一點也為孫若微所不齒。
朱祁鎮在后來聽信了王振的話，使得自己喪失了半壁江山，甚至連自己都被俘虜了。孫若微此時只能想盡辦法補救。她首先讓胡善祥帶著朱祁鈺逃亡到南邊，保證大明血脈不斷。其次自己留下來，陪著大軍奮戰。
經過了漫長的斗爭，孫若微終于守住了大明的江山。當太皇太后跟她說“我是長輩，你要原諒我”的時候，孫若微則回復，唯一不能原諒的就是她。