《萌醫甜妻》改編自小說《陛下請自重》，主要講述了沈家之女沈昭兒男扮女裝進入太醫院任職小太醫，卻陰差陽錯下被調往節度使府，和冰山節度使紀衡在同一個屋檐下引發的啼笑皆非的烏龍囧事。雖然紀衡總是冷冰冰的，但其實他的心里一直惦記著自己幼時的玩伴沈昭兒，并且一直在努力尋找她。
只是讓他沒有想到的是，沈昭兒居然一直待在自己身邊，而且就是那個讓自己總是恨得牙癢癢的小太醫田七。紀衡在經歷風雨、日漸相處中逐漸對天氣有了好感，但是一向高傲的他怎么能夠接受自己居然有斷袖之癖的缺陷呢？就在這樣的痛苦掙扎之中，他發現了有關田七的小秘密，開始懷疑田七是女扮男裝。
而在第21集中，他終于證實了自己的想法，也證明了自己并不是有斷袖之癖的變態，而且還驚喜的發現原來田七就是沈昭兒，兩人將之前沈家滅門的真相查明之后，經歷重重風波終于走在了一起，還舉行了盛大的婚禮，也讓眾多觀眾以為要虐的心放回了肚子里，真是皆大歡喜。