遮瑕筆在質地配方和效果會略有差異，但在顏色的分類上卻大致相同，比如分為黃色系、綠色系和粉色系,不同的顏色針對不同的瑕疵問題。
臉上紅腫的暗瘡、痘印或者紅血絲等泛紅的問題，都可以用綠色的遮瑕筆來解決。它不僅能夠掩蓋瑕疵，還能起到調整膚色的作用，使肌膚看起來更自然。要注意的是，尚未痊愈的痘痘和暗瘡可以選用帶有消炎效果的遮瑕筆。
可以選擇使用粉色或橘色的遮瑕筆遮蓋黑眼圈。暖色調的粉色和橘色可以中和臉上的黑色素。比如由熬夜疲憊引起的黑眼圈，可以先用較淺色號的粉色遮瑕筆輕涂一層，再用手指按壓上一層顏色較深的遮瑕筆以加強效果。
紫色可以用來提亮和調整膚色，所以針對的是發黃、暗沉的肌膚，對顏色較淺的痘痘和色斑也有一定的效果。除了遮瑕以外，紫色遮瑕筆還有提亮眼角和T字部位的作用。
眼周暗沉不同于黑眼圈，它往往是由于紫外線或生活不規律造成的眼瞼周圍肌膚暗沉，柔和的檸檬色則剛好可以讓眼妝的顏色更自然。