長期卸妝不徹底或者不卸妝，眼線殘留會誘發過敏性結膜炎，一支新的眼線筆使用之前污染率還達不到1%，但是隨著使用時間增加不注意保管，眼線筆上的細菌會加倍上升，眼線筆與睫毛膏同樣是眼部化妝品，在使用過程當中更容易被細菌感染，使用眼線筆會引起眼部感染疾病的風險，所以要想避免這些情況應該減少使用。
避免眼線筆上面出現細菌的現象，當自己眼部存在疾病的人，建議就不要再去使用眼妝產品，佩戴隱形眼鏡的時候也是要避免使用眼妝產品，購買的時候要選擇質量信得過的產品，特別要注意包裝上的標識，制造來源產地與成分，以免使用眼線筆的時候造成過敏，也要去注意購買品牌和有精挑細選的手法。