如果是用專用的清潔劑來清潔眼影刷，先將眼影刷用清水打濕，在毛刷頭上滴入清潔劑，用手反復揉搓毛刷，然后再用清水沖洗，直至毛刷恢復原來的顏色為止。用紙巾吸干毛刷的水分，然后放于陰涼干燥的地方自然風干。
如果是用卸妝水清潔眼影刷，先將眼影刷放入清水中浸泡，待眼影刷完全打濕后，放入洗面奶與卸妝水，輕揉眼影刷毛，把刷毛上的彩妝殘留揉搓下來。然后再用清水沖洗干凈，放在陰涼干燥的地方晾干。
如果是用卸妝濕巾清潔，將眼影刷在卸妝濕巾上反復擦拭，直到眼影刷上沒有彩妝為止，然后將刷毛理順、風干。這種方法適用于沾取眼影粉的毛刷，如果是用眼影膏的毛刷用此種方法無法清潔干凈。
在時間緊迫手邊又沒有其他清潔工具，可以用散粉來清潔毛刷。具體方法是將散粉灑在毛刷上，來回清掃，然后將毛刷上的粉末彈掉。在干凈的手上或者紙巾上掃一下看是否還有顏色，反復幾次后，紙巾上不再有顏色就說明已經清潔干凈。