在這部動漫中阿笠博士是一名天才科學發明家，并且他從一開始就知道柯南的真實身份，是柯南非常信任的老師。阿笠博士與黑衣組織完全沒有關系，一直以來都是幫助柯南隱瞞真實身份，并且還給予柯南日常所需的科學眼鏡，動力鞋子和滑板，當柯南有破綻的時候都是阿笠博士幫助柯南化解問題。
阿笠博士是一位歲數很大的天才發明家，在新一被黑衣人喂變小藥丸成柯南后，柯南第一個找到的人就是阿笠博士，并且也是阿笠博士介紹柯南寄宿在毛利家的人，同時阿笠博士發明了很多新進有用的設備，幫助柯南一次又一次的破案，也是柯南非常信任的人。
阿笠博士會被懷疑是大BOSS，源于作者發布，在結局的時候柯南會重新變回工藤新一，和青梅竹馬的小蘭會有一個非常美滿的結局，但是他們身邊有個最親近的人是黑衣組織大BOSS，所以大家會覺得是阿笠博士。作者給阿笠博士的設定是，當柯南有緊急情況的時候，隨時隨地就立刻支援柯南的善良博士，所以他是肯定不會黑化的，確確實實是大好人。