《激情的歲月》講述的是建國初期，為了研究出原子彈，一群物理學家紛紛回國相聚在一起，在研究的過程中經歷困難，經歷背叛并經歷了那段最特殊的歲月的故事。其中男主角叫做王懷民，他回國后不久妻子就難產死了，當時幫忙接生的婦產科醫生楊麗麗便幫他照顧著新生兒，王懷民與彭雄飛、黃凱華等人一起研制原子彈，在這段時間內，他們經歷了很多，但是仍然一起并肩戰斗者，并最終研制成功的故事。
古扇在劇中是一個特務，古扇也并不是她的本名，只是她的特務代號。她與黃凱華在書店相識，她自我介紹自己叫作江水寧，她主動接近黃凱華，兩個人堅持互相寫信，水寧在信中不斷探聽黃凱華實驗室中的秘密，在黃凱華對她的感情越來越深之后，他們便順理成章地結了婚，水寧也更方便地打探他的消息。但是在周圍人的不斷關心下，水寧也懷了黃凱華的孩子，她的想法發生了轉變，最終她放棄了特務的身份。
《激情的歲月》主要講述的是一群科學家，在國家條件不好而且情況危急的情況下，仍然堅持研制原子彈，并最終成功的故事，他們才是當時的中國能夠站起來的最安全的后盾。