遮瑕筆的質地比粉底液厚重很多，所以它在化妝時一般是適用于局部點涂效果會更自然，如果大面積直接接觸皮膚的話，可能會因為其干燥的質地直接將粉質塞入毛孔中，這也就會導致皮膚的毛孔堵塞。如果經常這樣不按照化妝順序使用，皮膚會出現粉刺黑頭等皮膚瑕疵。遮瑕的使用順序是在皮膚的基礎護膚和底妝完成之后，在粉底液之后使用，最后一步完成定妝。
遮瑕筆在上妝時需要注意上妝的位置，比如在眼部遮瑕時如果眼下有紋路，那么遮瑕的位置就不可以高過紋路，那樣會出現卡紋現象而且容易遮錯位置，讓眼睛紋路更明顯。遮蓋黑眼圈的時候要讓遮瑕筆的邊緣位置自然的和皮膚顏色融合起來，還要在遮瑕的中部位置輕拍，可以用美妝蛋代替指腹會更均勻。
想要更自然的遮蓋眼周部位，可以先用一層深顏色的米色遮瑕，再在上方疊加一層橘色的遮瑕，這樣不僅邊緣暈染更自然，橘色的遮瑕還能遮蓋住黑眼圈的烏青色，如果疊加兩層嫌太厚重也可以用海綿蛋輕拍上妝。