清洗美妝蛋看似簡單，但實際操作起來需要很大的耐心，首先要把美妝蛋完全浸濕，用力擠壓美妝蛋，每次擠壓都會流出大量水就證明美妝蛋完全浸濕了。
將美妝蛋中的水分稍稍擠出一部分，把美妝蛋放到專門的清潔皂上來回蹭，美妝蛋表面變得順滑之后反復擠壓美妝蛋，如果是洗面奶可以多用一點。
擠壓美妝蛋的時候可以將美妝蛋放到一個小碗中，利用泡沫反復沖洗美妝蛋，等美妝蛋中的彩妝殘余被擠出來就可以了，不過這個擠壓清洗的過程至少要三分鐘，也可以將美妝蛋放在手心反復擠壓，這樣比較容易清洗干凈。
數分鐘后用大量清水清洗美妝蛋，配合擠壓動作，而且是各個方向的擠壓，讓美妝蛋中的泡沫盡快被沖走，等到擠出來的水完全清澈就可以了，最后將水擠干凈，把美妝蛋放到陰涼通風處晾干即可。