馬云波是東山市公安局副局長，公安局的實際掌權人，是李維民的徒弟，也是李飛曾經最信任的人。馬云波在來到東山前，因為毒販的打擊報復，導致妻子于慧身中霰彈一百三十多發，體內仍有九顆子彈未取出。
因為這九顆子彈在重要臟器內，難以取出，于慧忍受著疼痛，在藥物無法抑制這種疼痛時，于慧找到了毒販買毒品，被林耀東的人發現，林耀東以此威脅馬云波，馬云波內心掙扎，但是為了妻子于慧，他不得不和林耀東同流合污。
在于慧跳海自殺之后，馬云波醒悟過來，最后在海邊將林耀東拷住，并且將自己和林耀東接觸的所有錄音證據寄給李維民，向李維民坦露心聲。
馬云波因嚴重違紀被開除黨籍和公職，涉嫌受賄瀆職，為制毒販毒分子充當保護傘，依法判處有期徒刑十二年。馬云波的結局也在告誡人們，任何原因都不能作為袒護犯罪人員的理由。
在劇情發展過程中，我們可以看到馬云波掙扎的內心，最后能夠親手將林耀東抓住，對馬云波來說也是一種解脫吧。