大結局時，雍正病重卻再次懷疑六阿哥弘曕的身世，暗中安排血滴子夏刈偷取弘曕的血驗證真相，葉瀾依恰巧聽到了這個消息，悄悄告訴甄嬛早做防備。
甄嬛派小允子等人暗殺了夏刈，葉瀾依和甄嬛聯手暗害雍正，葉瀾依不斷給雍正吃慢性毒藥，導致雍正一病不起。雍正臨死前，甄嬛將全部真相告訴雍正，活活氣死了雍正，甄嬛親眼見證了雍正的死，心里很難過。
雍正死后，大臣們因新帝登基一事爭論不休，甄嬛果斷拿出遺詔扶持四阿哥弘歷登基，弘歷登基后改稱乾隆，尊稱甄嬛為圣母皇太后，甄嬛黨全部成為太妃。
甄嬛成為太后后又悄悄氣死了皇后宜修，并暗示烏拉那拉青櫻不要像宜修那樣，青櫻為表忠心由甄嬛賜名為如懿，甄嬛叮囑新妃嬪不要惹是生非。
最后甄嬛請求乾隆允許弘曕過繼到果郡王名下，以免乾隆擔心弘曕威脅皇位而對弘曕出手，乾隆答應了甄嬛的要求，許諾會好好孝敬甄嬛。