孫悟空與唐僧之間的矛盾還蠻多的，畢竟孫悟空每次想要做些什么，都會遭到唐僧的阻攔，而且唐僧本是凡胎，有些事情他根本看不透，所以總會和孫悟空產生分歧，導致孫悟空多次離開唐僧，不過唐僧每次遇到困難，孫悟空都會及時出現。
劇中，孫悟空剛拜唐僧為師的時候，因為他殺了六個妖精化身的強盜，唐僧誤會他殺死的是無辜老百姓，所以便與孫悟空斷絕師徒關系，孫悟空一氣之下便離開了，最后還是被東海龍王勸回唐僧身邊。
第二次是三打白骨精，唐僧誤以為白骨精是好人，加上豬八戒的挑唆，唐僧再次與孫悟空斷絕師徒關系。
第三次是真假美猴王，真孫悟空與假孫悟空同時出現在唐僧面前，唐僧將真孫悟空趕走，最后假孫悟空被如來佛祖識破，唐僧與孫悟空才算是和好如初。