首先是弒神之刃方面的問題，九蓮有一把弒神之刃，她父親一直讓九蓮用弒神之刃殺死神王，但九蓮卻一直沒出手。最后九蓮好不容易出手了，結果神王沒死，一點事兒都沒有。所以弒神之刃瞬間好像成為了一把普通匕首。這是bug之一。
再有就是圣君，大家一直都在說圣君多么多么厲害，原以為圣君能與冥肖大戰一場，但實際上圣君還沒出場幾秒就被抓住了。他和紀寧一起都沒打過冥肖。這就讓人更疑惑了，這和前面的描述對不上，不夠嚴謹。
再有就是紀寧的無刃之劍，黃伯一直讓紀寧好好修煉無刃之劍，還說當年陸壓道人曾用無刃之劍毀了神王的真身。紀寧也一直在好好修煉，但最后這把劍竟然沒派上用場，那為什么還要提這把劍。
不得不說《莽荒紀》的大結局劇情的確是存在很多bug的，這一點讓人無法反駁。