紋眼線和紋眉毛會有同樣的一個缺點，就是紋完后會有些顯得“不自然”。
所謂的半永久性，就會在你的臉上停留很長的時間，不論你是化妝還是不化妝，只要是紋到自己的眼部，它就不會消失，在卸妝的時候就會很突兀，也沒有自己畫出來的眼線那么自然。
紋眼線是一個小型的微整，會對眼睛上的皮膚有一個創口。因為眼部肌膚比較敏感脆弱，會有不適的感覺，刺激眼睛是在所難免的。
一些十分嚴重的情況下可能造成眼部的過敏，導致流淚不止，眼睛干澀。這種刺激到眼部肌肉的微整，比紋眉毛的難度大，要慎重考慮。
紋眼線經過一段時間后可能會掉色，這樣會顯得眼睛上的皮膚不干凈，看起來更不自然。要維持眼線的效果，就要經過一段時間后就進行補色。